健脾燥湿
草豆蔻辛温芳香，其气燥烈，能化湿浊。有健脾燥湿的作用，适用于不思饮食、食欲欠香等人群。用于脾胃虚弱或寒湿郁滞引起的食欲不振，常配木瓜。用于治疗脾胃寒湿偏胜，气机不畅：与干姜、厚朴、陈皮等温中行气之品同用。若是寒湿脚气兼有呕吐者可配吴茱萸、槟榔等同用。
温中止呕
草豆蔻有温中止呕的功效，用于治疗寒湿内盛，胃气上逆之呕吐呃逆：与肉桂、高良姜、陈皮等同用，如草豆蔻散。《临床常用中药手册》：草豆蔻辛温散寒，……又温中止呕，适于寒湿中阻所致病证。
治疗胸闷
草豆蔻可以用来治疗气滞导致的胸闷症状，在使用的时候，可以和厚朴以及枳壳等一起配合共同使用。
治久泻虚痢
肉豆蔻、吴茱萸各30克，小米60克，蜂蜜适量。前三料炒焦，研细，加蜂蜜炼成丸。每次服6克，每日2次，温水送服。
