富含胡萝卜素的食物
木瓜中富含胡萝卜素，并且胡萝卜素是脂溶性的，会在体内堆积，如果木瓜和其他富含胡萝卜素的食物一起食用，会导致血液中胡萝卜素含量增高，出现皮肤发黄的现象，严重时会蓄积在富含脂肪的器官上，造成不适，甚至出现胡萝卜素血症的情况。
常见的富含胡萝卜素的食物有：红辣椒、青豆、西红柿、胡萝卜、南瓜、柿子等。
含有维生素C分解酶的食物
木瓜中富含维生素C，是苹果的十几到几十倍，所以木瓜是维生素C良好的补充剂，但是维生素C会在维生素C分解酶的作用下被破坏，失去其本身的功效，造成维生素C的大量损失。
常见的含有维生素C分解酶的食物有：胡萝卜、南瓜、黄瓜等。
性热的食物
木瓜性温，但木瓜容易吃多，半个木瓜下去就有好几百克，大量食用会导致体质燥热，所以最好不要和性热的食物一起食用，会加重体质燥热的情况，易上火，对身体不好。
常见的性热食物有：牛肉、羊肉、狗肉、辛香料、韭菜、榴莲等。
高蛋白的食物
木瓜中含有一定量的鞣酸，特别是青木瓜含量更高，和高蛋白的食物一起食用，会因为鞣酸与蛋白质发生反应，形成不易消化的蛋白质沉淀，不利于蛋白质的消化和吸收，脾胃不好的人可能还会导致消化不良。
常见的高蛋白食物有：虾、鱼、鸡胸肉、鸡蛋、豆腐、大豆等。
